Los programas de entrenamiento pediátrico en el Children's Hospital Boston han sido por largo tiempo una excelente opción para los futuros mejores pediatras del país. Cada año, aproximadamente 450 graduados universitarios pasan al menos una parte de sus residencias en nuestro hospital. Los residentes son graduados de las escuelas de medicina más importantes de los Estados Unidos y del extranjero. Algunos se entrenan por los tres años completos; algunos incluyen a Children's Hospital Boston como una parte de su residencia.
Children's Hospital Boston es el principal hospital de enseñanza pediátrica de la Escuela de Medicina de Harvard.